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title: "Taxonomic Names Resolution Service (Spanish)"
author: "Paul Efren"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Taxonomic Names Resolution Service (Spanish)}
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  %\VignetteEncoding{UTF-8}
  
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Taxonomic Name Resolution Service - TNRS

TNRS es una herramienta construida para la brindarnos ayuda en los procesos de estandarización y validación de forma automatizada de los nombres científicos de las plantas.

TNRS facilita la corrección de los errores ortográficos, permite la validación de los mismos con una lista estándar y la resolución de sinonimias con el nombre aceptado actualmente. TNRS puede procesar muchos nombres a la vez, lo que ahorra horas de corrección manual de nombres, la cual es tediosa y esta propensa a errores. Para los nombres que no se pueden resolver automáticamente, TNRS presenta una lista de posibilidades y proporciona herramientas para investigar y seleccionar el nombre adecuado.


## Usando TNRS

TNRS toma como entrada un vector con los nombres científicos o un data.frame que contiene dos columnas: número de fila (ID) y nombre científico (taxon).


```{r }
library(TNRS)

# Primero, tomaremos un conjunto de datos como ejemplo, esta tiene
# dos columnas: número de fila (ID) y nombre científico (taxon).

fulldata <- tnrs_testfile

head(fulldata, n = 20)

# Tenga en cuenta que en el ejemplo los nombres científicos se
# presentan bajo diferentes formatos, que a veces incluyen:
# Solo nombre científico
# Solo género
# Familia y género
# Familia, nombre científico y autor

# La función a utilizar es `TNRS()`:

results <- TNRS(taxonomic_names = fulldata)

# Inspección de los resultados

head(results, 10)

# El resultado es un data.frame que incluye la información referente
# a cada uno de los nombres ingresados, la valoración de la coincidencia
# (similitud del nombre ingresado y el nombre coincidente), el nombre
# coincidente, el estado del nombre coincidente y el nombre aceptado.
```

## TNRS metadata

El resultado es un data.frame que incluye la información referente a cada uno de los nombres ingresados, la valoración de la coincidencia (similitud del nombre ingresado y el nombre coincidente), el nombre coincidente, el estado del nombre coincidente y el nombre aceptado.
Cuando utilice `TNRS`, le pedimos que cite tanto a `TNRS` como las fuentes de datos que se emplean en TNRS. TNRS no podría funcionar sin el soporte de estas fuentes de datos, y es importante reconocer el trabajo de estos colaboradores citando su trabajo. Los usuarios también pueden tener acceso a la versión de `TNRS` que emplean en sus análisis para propósitos de reproducibilidad. La función `TNRS_metadata` brindan acceso a las citas y la información de versiones en un formato de fácil uso. Esta función devuelve:

1. Información de las citas bibliográficas en formato Bibtex. Esta información exportarse en un archivo, especificado un elemento de tipo carácter (nombre del archivo) en el argumento "bibtex_file" para añadir esta información a un software de gestión de referencias.

2. Información sobre las fuentes de datos utilizadas por `TNRS`

3. Información de la versión de desarrollo de `TNRS`



```{r}
metadata <- TNRS_metadata()

# Si desea conocer la información de la versión TNRS que utilizas (por
# ejemplo, para añadir la referencia en una publicación):

metadata$version

# Para conocer cuales son las fuentes que se utilizan en TNRS:

metadata$sources

# Para obtener la información de las referencias bibliográficas y
# añadirla  a un gestor de referencias (por ejemplo, Paperpile,
# Zotero):

# writeLines(text = metadata$citations$citation)
```